银联POS机与支付公司POS系统的入账核对程序主要有：准备业务分析报告、执行业务检查、账户明细核查、预收账款锁定、核对流水账、核对入账总额、核对账户余额、核对账户余额和对账单等。
首先，营业分析报告应明确当期的营业收入和入帐，并将支付宝、微信支付、银行、 POS机等业务收入列入当期的财务报告；其次，将各种业务的交易资料进行比对，核对收款通道与经营费用的配对，保证实施的准确性；第三，核对账户的详细情况，对资金来源和数额进行审查，并按照银行指定的账户增加的数据进行完整性的核实；另外，要妥善地处置预收款，避免预付款项到期或提早支付；审核流水帐，核对各流水帐和所述收款资料的准确性；最终，银联POS机将项目的入帐金额与帐户结余进行对比，以验证当前的收入状况。
扩展知识：通常来说， 银联POS机与银行之间的结算工作应该被列入公司的内部监控系统中，其程序必须符合我国税务和税务法规的有关审核标准，以确保收支的正确性、有效性和完整性，从而防止资金的流失。
